Die Gemäldesammlung zieht sich durch alle Ausstellungsbereiche des 5e Museums.
Die einzigartig umfangreiche Sammlung der sogenannten Franzosenbilder von Sebald Grünschachner & Johann Engleitner bilden den Schwerpunkt der Ausstellung im Feuerraum.
Einige religiöse Bilder sind ebenfalls im Feuerbereich des Museums ausgestellt.
Im „Wasserraum“ im ersten Stockwerk sind einige Gemälde passend zum Thema ausgestellt.
Das wahrscheinlich wertvollste Gemälde des Museums, das „Plagenbild“ aus dem 16. Jahrhundert, kann man im Erdgeschoss bewundern. 
Ein Großteil der Gemäldesammlung ist im Depot gelagert, auch sehr schöne Portraits und Landschaften in den verschiedensten Techniken, wie Pastelle von Robert Medwenitsch, Rötel- oder Pastellzeichnungen von Ferdinand Schürer und Hofer, Aquarelle von Karl Tomaschek und Herta Czoernig-Gobanz, Werke von Reinhold Klaus und anderen Künstlern.
©Musealverein Waidhofen an der Ybbs Text: Stadtarchiv Waidhofen/Ybbs
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